观光农业园区的运行机制，包括园区的组织管理、发展方向以及为实现目标所采取的方法和措施。为配合观光农业园区建设，可以成立“观光农业园区发展有限公司”，作为观光农业园区下属的一个实业公司和独立法人实体，实行独立核算、自负盈亏。观光农业园区发展有限公司下可以设建设部、规划部、项目开发部、科技服务部、营销发展部、财务结算部等部门，各部门按照工作职能，分工协作，各负其责，公司按照市场化运作机制，重管理、重功能、重效益，按企业化模式经营。强化企业是园区投资建设运营的主体，充分发挥企业在园区建设发展中的作用；加大对企业的培育，实现园区运作的企业化，增强园区发展动力。对企业的经营者，进行文化知识、农业知识、经济管理培训，使其在创新理念、提高文化知识的同时，不断提高企业经营的技能和水平，促进观光农业园不断向科学化经营、规范化服务方面发展。对园区内的服务人员也要做好培训作，提高服务人员的素质。园区要加强制度建设，使管理工作走上制度化、规范化轨道。制订配套政策，鼓励和引导企业及个人进区交易。按企业化机制运行，严格任务责任制，强化目标考核制，经济利益与完成目标挂钩。
观光农业园区要善于运用政府引导。在政府引导方面，就是加强组织管理，制订促进园区发展的各项政策，完善总体规划政府完善基础设施和配套服务设施，通过抓示范、树样板等形式，扩大示范辐射效应；进一步营造良好的投资环境，积极引导社会资本投资休闲观光农业，积极鼓励农民以土地、资金入股等方式参与建设，推进协作，提高组织化程度，实现休闲观光农业多元化、合作化发展。可以说，政府为吸引资金、人才、技术创造良好的条件。