有机农业原则上需要系统内的物质循环，但毕竟有产品输出就需要有养分的补充和土壤肥力
的维持，仅靠农业种植业内的秸秆还田并不能很好地维持土壤肥力的稳定，因此，有机农业允许利用一些系统外的有机物质作为肥力的补充，但不是任何外来有机物质都可以。对不同有机废弃物利用都有一定的要求。有机农业标准明确规定，有机肥应主要源于本农场或有机农场(或畜场)；遇特殊情况(如采用集约耕作方式)或处于有机转换期或证实有特殊的养分需求时，经认证机构许可可以购人一部分农场外的肥料。外购的商品有机肥，应通过有机认证或经认证机构许可。
有机农业限制使用人粪尿，必须使用时应按照相关要求进行充分腐熟和无害化处理，并不得与作物可食部分接触。禁止在叶菜类、块茎类和块根类的作物上施用。对于有机农业系统内的作物秸秆、绿肥、畜禽粪便及其堆肥，原则上没有特别的限制，但外来的秸秆要求与动物粪便堆制并充分腐熟后方可使用；对散养型家畜的养殖废弃物、农家肥和脱水家畜粪便，要求满足堆肥腐熟的要求。用于地面覆盖或堆制后作为有机肥源的木料、树皮、木屑、刨花、木灰及腐殖质等不应经过任何化学处理，否则不能使用。经过堆制或发酵处理后的肉、骨头和皮毛制品等也必须是不含防腐剂的原料才可用。不含合成添加剂的食品工业副产品也必须经过堆制或发酵后才可以用。其他如饼粕、鱼粉等要用于有机农业系统就不能使用化学方法加工或未添加任何化学合成的物质。
通常要维持一个有机种植园的土壤肥力，需要周边有足够的有机肥源。例如，北京平谷区光远岩巍有机桃园，为了提供66.7hm2桃园的有机肥，园区承包了平谷一家有机鸡场的所有鸡粪和大厂一家有机牛场的10000米3牛粪，不仅满足了部分桃园的有机肥的需要，而且减少了畜禽养殖粪肥的堆积和排放，保护了环境。米业公司的产品剩余物质，如稻壳和稻渣，可以用来生产草木灰和稻醋液。草木灰可以给果园补钾，稻醋液可以给果园和养殖场消毒杀菌，具有抗病、防虫、促进植物生长、增加产量等明显效果，是一种非常适用的现代生物有机肥料。