杠六九西红柿根系是主要的吸收器官，也是重要的合成器官之一。根系不直接接受光信号，通常在光受体的调解下，经过内光环境，通过地上部分传到地下部分，调控植物的生长发育。许多研究发现，根的生长受到蓝光、红光和紫光的影响。在蓝光下能提高植物的根系活力，还能促进愈伤组织的生长和不定根的形成，在蓝光和紫光处理下，能促进燕麦分根生长，其根系较发达。
红光有利于杠六九西红柿幼苗根系的伸长生长，蓝光不利于生根。还原酶（和谷氨酰胺合成酶，分别是确态氮和氨态氮同化的关键酶，其表达既有组织器官专一性，又受环境（光、氮、等）和发育因子的影响。
光敏色素参与的诱导受不同光质的影响了光、硝态氮和氨态氮在子叶发育期间同工酶表达中的调控作用。结果表明，摘态氮和氨态氣只起很微弱的作用，而光通过影响染色体而成为主要的调控因子。
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